Les eaux pluviales de l'aéroport Paris-Orly sont rejetées dans l'Orge à environ 200 m de la Seine. Les eaux pluviales de l'aéroport Paris-Charles de Gaulle sont rejetées par deux exutoires : le Bassin Versant Seine au niveau du ru des Sausset et le Bassin Versant Marne au niveau de la Réneuse.

Le rejet dans le milieu naturel est autorisé si la qualité et la quantité de l'eau respectent les seuils prescrits par les autorisations réglementaires.

• Le réseau d'eau pluviale d'aéroport Paris-Charles de Gaulle est équipé de 6 stations de mesure d'alerte implantées aux points stratégiques du réseau et de 2 stations de surveillances aux points de rejet (l'une pour le Bassin Versant Seine, l'autre pour le Bassin Versant Marne). 2 Stations complémentaires permettent le suivi de l'eau provenant de la commune du Mesnil Amelot.
• Le réseau d'eau pluviale d'aéroport Paris-Orly dispose de 6 stations de mesure d'alerte et de 2 stations de surveillance à son point de rejet dans l'Orge.

Par ces stations, le Laboratoire suit en continu (24h sur 24) le débit et la qualité de l'eau rejetée. Cette surveillance permet d'interrompre les rejets en cas de dépassement des seuils autorisés par les arrêtés inter préfectoraux.

Les eaux usées regroupent les eaux sanitaires, appelées également les eaux domestiques, et les eaux industrielles  issues de l'activité des entreprises implantées sur les plates-formes.